Puis, devant le succès, il travaille très vite sur des séries comme X-Force, Wolverine et Spider-Man, soit des séries importantes dans les catalogues respectifs des éditeurs. En 2001, il reprend, avec Ed Brubaker, Catwoman, pour transformer ce personnage alors vieillissant en nouveau phénomène. Il réalise alors, en tant qu’auteur complet, ce qui est réservé exclusivement aux stars du comics, DC : The New Frontier (La nouvelle frontière), un projet très ambitieux et unanimement reconnu par la critique comme une oeuvre majeure, qui fait le pont, grâce à son style rétro caractéristique, entre le Golden et Silver Age du comic book.
Il écrit aussi un scénario pour Superman, entre autres, avant de reprendre les rênes de nouvelles aventures du Spirit, le personnage de Will Eisner, en tant qu’auteur complet, encore une fois. Darwyn Cooke a réalisé plus récemment son rêve d’adapter en bande dessinée le personnage de Donald Westlake/Richard Stark, Parker. Il obtient même de l’auteur, pour la première fois et ce qu’il avait toujours refusé à Hollywood, le droit d’utiliser le nom du personnage culte du polar. Parker, ainsi que bon nombre des oeuvres de Westlake ont été traduites en français, rencontrant toujours le même succès qu’en Amérique du Nord.
Cooke vit aujourd’hui dans la région de Halifax, Nova Scotia au Canada.