En 1984, il crée les éditions Champaka Brussels qui se spécialisent dans la réalisation d’impressions artistiques liées à la bande dessinée. Ce label est depuis devenu l’un des leaders de ce marché dit « de niche ». Schuiten, Yslaire, Juillard, Loustal, Moebius, Hergé, Chaland, Floc’h et Franquin, et bien d’autres, lui ont fait le plaisir de travailler avec lui depuis de longues années.
En 1992, il crée Auteurs Associés, une agence de consultance qui officie dans différents secteurs du Neuvième Art : stratégie de droits dérivés (Astérix, Gaston Lagaffe), agence rédactionnelle, expositions et autres.
En juin 2006, il devient Directeur éditorial des éditions Dupuis. Depuis, Éric Verhoest continue toujours de se consacrer à l’oeuvre laissée derrière lui par Franquin, en signant notamment l’album Franquin, la chronologie d’une oeuvre.
En collaboration avec Jean-Luc Cambier, il rédige des livres (La légende des Sambre chez Glénat, Le Monde de Franquin chez Marsu Production) qui abordent la bande dessinée sous un angle qui se veut résolument journalistique. L’album Un nouveau monde s’inscrit également dans cette logique. En 2016, ils se pencheront sur les nouvelles aventures de Blake et Mortimer, dans L’Héritage Jacobs, chez Dargaud.