Trois ans plus tard, il publie son premier album de bande dessinée, avec le scénariste Éric Stoffel, « Pandora » (Vents d’ouest, 2001). Depuis, Thomas alterne entre story-board et bande dessinée.
Côté dessin animé, il participe à des longs-métrages remarqués, comme « Les Enfants de la pluie » (2003) ou « La Reine Soleil » (2007).
Côté BD, bien que l’ambiance médiévale de « Pandora » le passionne, il cherche rapidement à s’ouvrir à d’autres univers, notamment celui de la science-fiction. Sa rencontre avec Julien Blondel, dans un atelier à Marseille, lui permet de franchir le pas : ensemble, ils signent les deux albums des « Orphelins de la tour » (Delcourt, 2007 et 2009). Avec Xavier Dorison, il imagine « H.S.E. » (Dargaud, 2012), une série d’anticipation dont le troisième et dernier volet voit le jour en 2016.