Le scénariste Frank Reichert s’associe avec lui de 1984 à 1988 pour élaborer une série d’histoires prépubliées dans CHIC, ZOULOU et METAL AVENTURES avant leur recueil en albums : La danse devant le buffet (Futuropolis, 1985), Avis de recherche (Futuropolis, 1985), Théâtre d’ombres (Humanoïdes Associés, 1987) et La Croisée (Humanoïdes Associés, 1988). Baudoin travaillera aussi à la même époque avec Jacques Lob pour le mensuel A SUIVRE : Intérieur Noir (1986) et Carla (1988, édité en album par Futuropolis en 1993).
L’artiste se tourne ensuite vers les petits éditeurs alternatifs qui commencent à foisonner en marge de la production traditionnelle : Z’Editions (La mort du peintre en 1995 et quelques livres illustrés), Autrement (participation à L’Argent roi en 1994), Apogée (La diagonale des jours, sur un scénario de Dohollan en 1995), L’Association (Eloge de la poussière en 1995, puis Nam, Made in U.S., Le voyage, etc ). Le Voyage obtint le prix Alph’Art du meilleur scénario à Angoulême en janvier 1997.
S’interrogeant régulièrement sur la relation qu’entretient un artiste avec son oeuvre, Edmond Baudoin est un conteur intimiste et fortement autobiographique. Les Yeux dans le mur, sa première oeuvre mise en couleurs pour la collection Aire Libre, en est une parfaite illustration, car composée à quatre mains avec la collaboration d’une jeune admiratrice et modèle, Céline Wagner.