Il intègre ensuite durant 2 ans l’atelier de la place des Vosges, où il rencontre Fabien Vehlmann et Gwen de Bonneval.
Le premier lui écrit « Le marquis d’Anaon » (Dargaud, 2002-2008), série en cinq tomes, et avec son complice Gwen de Bonneval il fonde l’Atelier du Coin. Une fois sur place, ce dernier lui écrira « Messire Guillaume » (Dupuis, 2006).
En parallèle, Matthieu Bonhomme réalise également des albums en solo, comme « L’Âge de raison » (Carabas) pour lequel il reçoit le prix du premier album au festival d’Angoulême en 2003.
En 2005, il entame sa série la plus personnelle: Esteban. Publiée tout d’abord dans le magazine Capsule Cosmique, elle continuera à évoluer dans Spirou. Un tome 6 est en préparation.
En 2008 il rencontre Lewis Trondheim. Leur collaboration donnera le jour à « Omni-visibilis » (Dupuis, 2010), puis à « Texas Cowboys » tome 01 et 02 (Dupuis, 2011-2014), un western impitoyable.
En 2016, pour les 70 ans de Lucky Luke, il a le plaisir de publier un album en hommage au plus célèbre des cow-boys : « L’Homme qui tua Lucky Luke » (Lucky Comics), un récit qui révèle les raisons qui ont poussé l’homme qui tire plus vite que son ombre à arrêter de fumer…
En 2018, il sortira, avec Fabien Nury, « Charlotte Impératrice ».