C’est dans l’hebdomadaire LISETTE qu’il place ses premières illustrations, puis son premier récit en quatorze planches (« L’ennemi vient de la mer »). Il est ensuite engagé chez Fleurus où il réalise nombre de courtes histoires complètes pour l’hebdomadaire FRIPOUNET et crée dans DJIN ses premiers personnages durables, Brunelle et Colin, sur scénarios de Robert Génin.
Parallèlement, il réalise des illustrations pour la librairie Hachette, ainsi que deux adaptations de Jules Verne (« Le Serpent de mer » et « Le Secret de Wilhelm Storitz ») pour l’hebdomadaire PIF et un album médiéval de trente planches (« Maître Guillaume et le journal des bâtisseurs de cathédrales », 1978).
En 1979, il commence pour le magazine CIRCUS son premier (futur) best-seller : Les Passagers du vent. Le festival 1980 d’Angoulême le consacre meilleur dessinateur de l’année pour ce premier épisode (« La Fille sous la dunette »). Dès le second, les ventes commencent à exploser et il abandonne, sans trop de regret, le dessin de Brunelle et Colin à Didier Convard après la seconde aventure de ce couple de jeunes aventuriers.
Désormais, il sera auteur complet de récits adultes. Il décide toutefois de revenir à l’univers médiéval et met en chantier une première version de sa saga des Compagnons du Crépuscule pour une revue mort-née de Hachette. Faute de débouché pour cette série, il poursuit les Passagers jusqu’à leur cinquième et dernier tome en 1984.
Casterman adopte les Compagnons qui feront les beaux jours du mensuel A SUIVRE et susciteront l’enthousiasme du public conquis par le graphisme méticuleux et original d’un auteur qui n’hésite plus à consacrer plusieurs années de travail à un seul volume. Il est vrai qu’il pousse le souci de perfectionnisme jusqu’à construire de ses mains en maquettes les principaux décors de ses récits. Les albums de cette trilogie s’échelonneront de 1984 à 1990.
Les Passagers sont ensuite réédités chez Casterman en 1994. Bourgeon s’est attaqué entre-temps, sur scénario de Claude Lacroix, à un space-opera d’une grande originalité, le Cycle de Cyann, dont le premier volume paraît en 1994 et s’avère d’emblée comme un futur classique.
Artisan fidèle en amitié et en admirations, François Bourgeon a accepté de crayonner les huit planches ultimes du second tome du Passage de Vénus (collection Aire Libre) pour apporter une conclusion acceptable à cette oeuvre prévue en trois volumes et rendue inachevée par le décès de Jean-Paul Dethorey en 1999.