En 1998, il entre à l’atelier des Vosges et se consacre plus assidûment à sa véritable passion : la bande dessinée. Avec Fabien Vehlmann au scénario, il réalise la série « Samedi et Dimanche » (Dargaud, 2011-2005) ; en solo, il signe « Basile Bonjour » (Delcourt 2001-2004).

Puis il monte l’atelier du Coin, avec quelques amis (dont Matthieu Bonhomme, Stéphane Oiry et Hubert…). Il y dessine « Monsieur Forme » (Delcourt, 2003) et y scénarise « Gilgamesh » (Dargaud, 2004 et 2005), mis en images par Frantz Duchazeau, et « Messire Guillaume » (Dupuis, 2006-2009), pour Matthieu Bonhomme. « L’Esprit perdu » (Dupuis, 2009), intégrale de cette dernière série, a reçu le prix Intergénérations du festival d’Angoulême en 2010.

C’est avec ses amis de l’atelier qu’il élabore le projet du magazine de bande dessinée jeunesse ‘Capsule cosmique’ qui sera accueilli chez Milan et dont il sera le rédacteur en chef. Après avoir dirigé la collection BD chez Sarbacane, il revient à ses activités d’auteur.

Il dessine, pour son complice Fabien Vehlmann, « Les Derniers Jours d’un immortel » (Futuropolis, 2010), qui reçoit le prix du meilleur album de SF aux Utopiales en 2010, et collabore avec Hervé Tanquerelle à « … et autres racontars » (Sarbacane, 2009-2013), l’adaptation en bande dessinée des « Racontars arctiques », de Jörn Riel.

En 2013, il publie le dernier volet de la série « Bonneval Pacha » (Dargaud), qu’il avait commencée l’année précédente avec Hugues Micol.

Gwen de Bonneval a également été le directeur éditorial du mensuel de bandes dessinées numériques ‘Professeur Cyclope’, revue cofondée avec Brüno, Cyril Pedrosa, Hervé Tanquerelle et Fabien Vehlmann.