D’un commun accord, ils décident finalement de se séparer pour se consacrer chacun à leur carrière respective.
En 1999, Stalner publie le premier tome de la série La Croix de Cazenac aux éditions Dargaud, en collaborant avec le scénariste Pierre Boisserie. Le dixième et dernier chapitre de cette série à succès, intitulé La Dernière Croix, paraît en 2008.
Dès lors, Éric Stalner multiplie les projets, en solo ou avec d’autres auteurs : toujours avec Boisserie, et plusieurs autres dessinateurs qui se relaient, il réalise le triptyque Voyageur, composé des cycles Futur, Présent et Passé. Publiés chez Glénat, 12 tomes paraissent entre 2007 et 2011.
Boisserie et Stalner renouvellent leur collaboration dès 2007, pour la saga Flor de luna, dont les 3 tomes sont également parus chez Glénat.
Parallèlement, il contribue, en 2000, au deuxième tome de la série Le Triangle secret, Le Jeune Homme au suaire, sur un scénario de Convard, puis en 2004, il crée le polar en deux tomes, Blues 46, en partenariat avec Laurent Moënard.
Il signe seul d’autres oeuvres : comme en 1999, la série historique Le Roman de Malemort, composée de 6 tomes, toujours chez Glénat. Il réalise également en solo La liste 66, un road-movie d’espionnage dans l’Amérique des années 60, en 5 tomes chez Dargaud et la série Ils étaient dix en 3 tomes aux éditions 12bis (parus entre 2009 et 2011). Un autre de ses projets solos est La Zone, série de science fiction et d’anticipation, dont les deux premiers tomes sont sortis en 2010 chez Glénat.
Dernièrement, il a également adapté, avec Boisserie, le roman et le film de Nicolas Vanier : Le Loup, en 2009.
Et de nouveau avec son frère Jean-Marc, il a travaillé sur l’adaptation d’un autre récit de Vanier, L’Or sous la neige, paru en 2011, aux éditions 12bis.
Père de trois enfants, d’un chien et d’un chat, il vit à Toulouse dans le Sud-Ouest.