C’est au contact de son professeur Jean Widmer et de son agence Visuel Design qu’il commence à travailler pour les grandes institutions culturelles. Fort de cette expérience, on lui confie les fonctions de responsable du service graphique du Musée d’Orsay, de 1988 à 1991. Volontairement tourné vers un travail d’utilité publique, Frédéric Lemercier confirme son statut de graphiste indépendant les années suivantes en réalisant notamment des affiches et des catalogues pour la Réunion des musées nationaux.
À partir de 2001, il se tourne vers l’enseignement artistique et enseigne aujourd’hui aux ateliers Hourdé à Paris.Il participe à la conception de « La campagne à la mer » et du « Pavé de Paris », recueils de dessins et de textes d’Emmanuel Guibert.
En 2003, on retrouve la sobriété de son travail dans l’ouvrage du photographe Didier Lefèvre Voyages en Afghanistan. C’est naturellement qu’il est associé au projet de l’album Le Photographe aux éditions Dupuis pour lequel il compose couleurs et découpages photographiques.