Au milieu des années 1980, il entame une carrière de scénariste de BD, en parallèle avec son travail de critique et d’essayiste pour les ‘Cahiers de la bande dessinée’.
En 1993, Smolderen entre chez Dargaud avec la série « Gipsy », dessiné par Enrico Marini (six tomes parus). Toujours chez Dargaud, il collabore avec Dominique Bertail sur la série « Ghost Money » ( cinq tomes, de 2008 à 2016).
« Souvenirs de l’empire de l’Atome » (Dargaud) avec Alexandre Clérisse, paraît en 2013 (Prix Meilleure BD des Utopiales, 2013 et Grand Prix de l’Imaginaire, 2014). En 2015, le duo se retrouve, encore une fois chez Dargaud, avec un deuxième roman graphique « L’Été diabolik » (Prix Ouest-France Quai des Bulles en 2016, et Prix BD FNAC en 2017).
Reconnu comme l’un des principaux spécialistes actuels de l’histoire de la bande dessinée, Thierry Smolderen a publié en 2009 un ouvrage théorique, richement illustré, intitulé « Naissances de la bande dessinée » (Impressions nouvelles), paru en 2009 (édité aux USA sous le titre « Origins of Comics », University of Mississippi Press, 2013).
Depuis 1994, il enseigne le scénario et l’histoire de la bande dessinée à l’École européenne supérieure de l’image (ÉESI – Angoulême) et y coordonne le master de bande dessinée, qu’il a contribué à fonder, en partenariat avec l’université de Poitiers.